肌酐升高前与升高后，反应出肾功能的损伤程度不同，病情处在不同阶段在用药方案上也会有一定差异。主要是肌酐升高后，不仅肾脏的滤过率功能受损，同时也伴随着调节水钠、酸碱、电解质平衡的作用失衡，继而引发一些出肾脏损伤之外的合并症，而这些症状也会进一步加剧肾脏损伤。如果不积极地改善用药，不能够加强对病情的控制以及肾功能的保护，病情无疑会进一步恶化。
不乏一些肾病朋友在肌酐升高后的用药方案仍然和病情初期基本一样，导致对受损肾功能的保护力度不够，致使多项指标不达标，病情恶化风险增加。因此肾病发展到中后期后，并不是说停药越快越好，主要治疗的目的应是稳定肾功能及病情。其中肌酐超过350以上，肾小球滤过率低于45的肾友，有四类药物积极地用反而对保护肾功能更有益。
第一类：降血压的药物肾脏细胞受损后通常会使肾脏自身的血液流通情况出现异常，流速减缓，血氧供氧不足，会进一步加剧细胞恶化。且还会造成肾脏内压的升高，引起系统性的血压升高，加速肾功能衰竭的发展。因此在肾病中期就要开始考虑增加降压药的使用，一方面是稳定血压水平，另一方面就是保护肾脏自身的血液流通。具有降压作用的降压药主要包括血管紧张素转化酶抑制剂类药物比较典型，有普利和沙坦类两种，一般滤过率在30以上的肾友都能用，但要注意监测肾功能血流变化。同时伴有尿蛋白和高血压的患者也可以服用这两类药，起到积极的护肾作用。即使血压稳定后有部分药也可以继续用，不用太着急停掉。
第二类：纠正贫血的药物——叶酸贫血多发生在肾病中后期，主要是肾脏整体功能下降后，生成促红细胞生成素下降，导致血红蛋白减少，诱发肾性贫血。贫血不仅会对肾脏细胞造成伤害，还会伤及血管以及身体营养免疫状态。纠正改善贫血给肾脏剩余的肾单位创造良好的血氧供应缓解是非常重要的。纠正贫血的药物目前是以注射促红生成素为主，部分患者也可以选择服用药物来改善血红蛋白。除此之外，还有部分人服用铁剂和叶酸，这两类药物对改善贫血以及引起的血管病变有很大的益处，可以保持服用。
第三类：纠正钙磷代谢紊乱——活性维生素D肌酐升高后，电解质出现代谢紊乱，比较典型的是血磷升高影响到钙的吸收，出现高磷低钙情况，部分患者出现骨折疏松等情况，行走不便。调节血磷的情况，通常会用到钙磷结合剂，来调节两种物质在血液中的储存情况。
其中针对钙质流失或不吸收的情况，还会用到活性维生素D，多数患者会在肌酐升高后用到这类药物。活性维生素D更容易吸收，除了补充钙质，还会具有一定的抗炎、阻止系膜细胞增生、抑制足细胞萎缩以及肾小管间质纤维化的积极作用。对整体肾功能的稳定有积极的益处。所以后期这类药也不要停太快。
第四类：调节酸碱平衡——碳酸氢钠肾病3期开始肾脏的代偿性逐渐降低，部分患者体内的酸碱代谢平衡出现异常。血液内酸性物质升高，会加速肾脏纤维化的进展，一般会用到碳酸氢钠等药物，调节血液内酸碱代谢情况，以免引起酸中毒等症状。其中碳酸氢钠的药物除了调节酸碱中和，还可以减轻肾脏的酸性代谢负荷，对保护剩余肾单位，提升肾小球滤过率有一定积极的作用。