「肠-肾轴」理论是指胃肠道与肾脏任何一方发生变化都会通过能量物质代谢、免疫炎症、肠道黏膜、肠道菌群等多方面影响另一方，甚至产生不良后果，并可互为因果。
简单来说，就是肠道菌群与慢性肾脏病（CKD）之间的关系是双向的，一方面肠道菌群影响肾脏；另一方面CKD影响肠道菌群。
而年龄增长、高脂高糖饮食、久坐不动的生活方式、抗菌素滥用都会损伤肠道菌群平衡。
肠道菌群中的有益菌具有「占位保护」作用。当有益菌减少时，有害菌就会趁虚而入，从而导致各类疾病发生。
正常情况下，人体产生的多种尿毒症毒素需通过肠道入血，经由肾脏排出。但慢性肾病（CKD）患者由于肾功能减退，肾脏功能受损导致体内尿毒症毒素积聚。而尿毒症毒素又可影响肠道微生物和肠壁完整性，影响毒素的产生和炎症状态，增加慢性肾病（CKD）的全身并发症和死亡率。
所以，当肾脏病患者到了尿毒症期、或是需要饮食控制的阶段，饮食的限制、药物的使用都会导致肠道菌群功能和数量的异常。
辩证地说，肠源性问题产生尿毒症毒素增加，毒素增加也会导致肠道功能障碍，让细菌失调，从而破坏肠道屏障黏膜。也会导致中枢神经功能紊乱，患者会表现出食欲不振、营养不良、乏力、消瘦。同时会增加尿毒症患者发生肿瘤、心血管合并症的风险、以及加速慢性肾病进展。