不仅容易发生感染、复发，而且经过长期观察，这种手术并不能延缓肾功能损害的发生。如果一侧肾实质广泛破坏，但对侧肾功能正常，则可行肾切除术。然而，多囊肾的手术治疗只能治标，不能治本。同时保护和恢复肾脏功能。治疗仍应及早发现。预防并发症的发生和发展，及时、正确地治疗已有的并发症。但前提是肾功能损害尚未达到氮质血症和尿毒症阶段。后期可出现氮质血症、尿毒症。多器官衰竭使情况变得复杂，危及生命。
对于小的肾囊肿，无症状时不需要治疗，但需要定期复查，观察囊肿是否继续生长。 无症状患者应每六个月至一年频繁进行尿液检查，包括尿常规和尿培养，以及肾功能检查，包括内源性肌酐清除率。 由于感染是病情恶化的重要原因，除非万不得已，肾囊肿穿刺的效果甚微。 不仅容易发生感染、复发，而且经过长期观察，这种手术并不能延缓肾功能损害的发生。 手术摘除囊肿并不是一件容易的事，因为肾脏表面的囊肿可以摘除，但埋藏在肾脏深处的囊肿却很难摘除。 如果肿瘤较大，可能恶变，可以进行手术探查。 若确认为良性囊肿，可将肾表面囊壁切除，用肠线与肾实质连续缝合边缘，剩余囊壁涂上碘酊。 如果一侧肾实质广泛破坏，但对侧肾功能正常，则可行肾切除术。
然而，多囊肾的手术治疗只能治标，不能治本。 因此，通过循经护肾疗法，将药物的有效成分通过经络循环输送至肾脏和囊肿，增加囊壁的通透性，加速囊内液体的排出，改善囊肿内环境。 同时保护和恢复肾脏功能。 控制囊肿的生长，甚至使囊肿明显缩小，达到治疗的目的。
治疗仍应及早发现。 预防并发症的发生和发展，及时、正确地治疗已有的并发症。 并发症、血尿、感染、合并结石等的治疗。还有肾性高血压的治疗。 如果囊肿太大，可以考虑去顶和减压手术。 可减轻囊肿对肾实质的压迫。 提高部分肾功能单位的恢复，可以在一定程度上延缓病情的进展。 但前提是肾功能损害尚未达到氮质血症和尿毒症阶段。 可以采用中药辨证治疗。 逐渐让囊肿液排出。 如果并发症没有得到解决，请进行治疗。 后期可出现氮质血症、尿毒症。 多器官衰竭使情况变得复杂， 危及生命。